El órgano interno de control, cuenta con autonomía técnica y de gestión para decidir sobre su funcionamiento y resoluciones. Tiene a su cargo prevenir, corregir, investigar y calificar actos u omisiones que pudieran constituir responsabilidades administrativas de servidores públicos del Instituto y de particulares vinculados con faltas graves; para sancionar aquéllas distintas a las que son competencia del Tribunal de Justicia Administrativa; revisar el ingreso, egreso, manejo, custodia, aplicación de recursos públicos, de conformidad con los artículos 149 Bis, de la Ley de Instituciones y Procedimientos Electorales del Estado de Sinaloa; 15, del Reglamento Interior del Instituto Electoral del Estado de Sinaloa; y 6, del Reglamento del Órgano Interno de Control del Instituto Electoral del Estado de Sinaloa.
